Сергей Пускепалис появился на свет 15 апреля 1966 года в Курске. Фамилия будущего актера красноречиво указывает на наличие литовского происхождения, также у Сергея имеются болгарские корни. Ранние годы Пускепалиса прошли на Чукотке, куда был командирован его отец. Много лет семья прожила в небольшом городке, население которого составляло всего десять тысяч человек. В северных условиях, при которых проблематично гулять на улице, так как даже летом температура воздуха редко достигает десяти градусов, Сергей пристрастился к чтению.
В 1980 году родители перевезли его в Саратов, где он окончил школу и поступил в театральное училище, откуда вышел в 1985 году с дипломом профессионального актера. Впервые Сергей взошел на театральные подмостки в этом же городе. В спектаклях «Эти свободные бабочки» и «Женитьба Белугина» Сергей исполнил главные роли. После перспективный актер перебрался в Москву и в 2001 году окончил режиссерский факультет в ГИТИСе, исполнив тем самым свою заветную мечту.
Пускепалис никогда не тяготел к публичности и известности, не стремился получить статус известного актера, о чем так часто грезят его коллеги. Он признается, что главным делом своей жизни считает театральную режиссуру, а съемки, скорее, являются увлечением. Тем не менее на экранах он появился в 2003 году, сыграв в эпизоде культового фильма Алексея Учителя «Прогулка», после чего нередко принимал участие в других известных картинах знаменитых отечественных режиссеров.
Актер был дважды женат, во втором браке у него родился сын Глеб, который продолжил семейную традицию и занялся актерской профессией.
