Во 2 сезоне сериала «Спецназ» после травмы Джейсона Хейса проходит полгода. Он завершает лечение и справляется со своими галлюцинациями, а также налаживает отношения с Аланой и детьми. Теперь спецназовец вновь может возглавить «Браво» – свою команду «морских котиков». Однако он больше не доверяет своему бывшему заместителю Рэю и приглашает на его место Спенсера. Рэй злится на руководителя и пытается присоединиться к другому отряду, что приводит к неприятным последствиям для всех. Тем временем ребята получают новое задание – обезвредить взрывное устройство и освободить заложников в Гвинейском заливе.