В 1 сезоне сериала «Шифр» события разворачиваются в советской столице, в середине 50-х годов XX века. В центре событий оказываются четыре бывшие работницы специальной группы ГРУ - Ира, Аня, София и Катя. Через 11 лет после завершения боевых действий они живут ничем не примечательной жизнью. Однажды Аня находит в подсобном помещении ресторана труп человека, с которым она работала раньше, – полковника Елисеева. Этот человек принимал участие в разработке засекреченного комплекса ПВО. Аня и бесследно пропавший охранник Миша проходят как главные подозреваемые по этому делу. На ноже оказались следы их отпечатков пальцев.