Во 2 сезоне сериала «Мегатон Мусаси» события разворачиваются в далеком будущем, где большая часть человечества уничтожена инопланетными вторженцами. Проходит несколько месяцев с того дня, когда к Ямато вернулись воспоминания о том трагическом сражении с инопланетянами. Он и двое его друзей пытаются сопротивляться новой власти во имя спасения оставшихся землян. В этом им помогает суперсовременная боевая машина – робот Мусаси, созданный земными учеными из сплава мегатрония. Только от команды Ямато зависит, обретет ли человечество былое величие, или будет уничтожено окончательно.